Az egri püspökség, 1804-től érsekség adminisztratív működése során két levéltárat alakítottak ki, az egyik az egyházigazgatási, a másik pedig a gazdasági levéltár volt. Az egyházigazgatási levéltár az egyházmegye kormányzása során létrejött iratokat tartalmazza. A gazdasági levéltár a püspökség, illetve az érsekség uradalmára és a papi tizedre vonatkozó gazdasági iratokat foglalja magába. A középkorban a püspökségnek biztosan volt olyan levéltári helysége, ahol az iratokat őrizték, de sajnos erről nem rendelkezünk adatokkal és ezek az iratok meg is semmisültek. A török időkben a püspökség Kassán, majd Jászón telepedett le és onnan irányították a megmaradt területeket. Ebből az időszakból csak a szentszéki ülések jegyzőkönyvei maradtak fenn. A török hódoltság alóli felszabadulás után Telekesy István püspök (1699–1715) költözött vissza a régi székvárosba és elsősorban a püspökség birtokjogait igazoló iratokat gyűjtötte össze és ezzel magalapozta a későbbi gazdasági levéltár legfontosabb gyűjteményét, az okmánykönyv – libri – sorozatot. Mind az uradalmi, mind az egyházigazgatási levéltárban az ügyintézés során keletkezett iratokat lajstromozás nélkül gyűjtötték és őrizték.

Gróf Barkóczy Ferenc püspök (1744–1761) beiktatása után az ügyintézésben fontos újításokat vezetett be. A protocollumokba már nem a szentszéki pereket másolták be, hanem a püspöki kancellária levelezésének kiadmányszövegét (Protocollum Dioecesanum). A levelezési könyv funkciója Barkóczy püspök halála után részben változott, a kimenő levelek mellett néha a szentszéki ülések jegyzőkönyveit is bemásolták, mely által a könyv elnevezése is megváltozott: Protocollum Consistorii. Az érsekség 1804-es létrejötte után visszatértek a Protocollum Dioecesanum elnevezéshez és tartalomhoz.

Eszterházy Károly püspök (1762–1799) kinevezése után átszervezte a püspöki uradalom irányítását és az egyházigazgatást is fejlesztette, bürokratizálta. Nem sokkal kinevezése után, 1766. január 10-én Torner Ignác sárosi káplánt Egerbe hívta és rábízta a püspöki levéltár rendezését. Torner nem csak rendezte a levéltárat, hanem Egerben is maradt és több mint egy évtizedig levéltárosként működött. Eszterházy az iratok rendezése után 1779-ben külön szervezetként felállítatta a hivatalos egyházi levéltárat. Itt tárgyi csoportosítás alapján nagybetűs jelzettel ellátott iratcsomókba helyezték el az iratokat, a csomókon belül pedig az egyes ügyiratok arab számjelzetet kaptak. A rendezés eredményeként lajstromkönyveket is készítettek a levéltár állományáról.

Eszterházy Károly püspök halála után a hatalmas kiterjedésű egyházmegye területéből kihasították a kassai és a szatmári püspökséget, az Egri Egyházmegyét pedig érseki rangra emelték. Az új egyházmegyék kérték a területükre vonatkozó iratokat, gyakorlatilag a levéltár megosztását. Az érintett felek abban egyeztek meg, hogy a tisztán kassai vagy szatmári püspökség területét érintő iratokat az egri levéltár átadja, a mindkét vagy mindhárom egyházmegyét érintőket pedig másolatban viszik át az új egyházmegyékbe.

Az egyházmegyei levéltár anyaga így jelentősen lecsökkent és a korábban kialakított levéltári rend is felborult. Fuchs Ferenc érsek (1804–1807) ezért a levéltár újrarendezésére adott utasítást. Az 1804 előtti püspöki korszak iratanyagait lezárták, a régi nagybetűs jelzetrendszert megszüntették és az itt maradt levéltári anyagot nyolc tárgyi csoportba tagolták, amiken belül összefüggő számsorba rendezték és Régi Levéltárnak (Archivum Vetus) nevezték el. Az 1804 után, az érseki időszakban keletkezett iratokat az Új Levéltárba (Archivum Novum) sorolták be, ahol sorszámos iktatást vezettek be.

A levéltár végleges, lényegében ma is meglévő rendszerét az 1820-as években Hangonyi József érseki levéltáros alakította ki. Az 1804-től keletkezett iratokat kilenc tárgyi csoportba osztotta be, az iratok pedig a kilenc tárgyi csoporton belül folyamatos sorszámot kaptak: 1. Papok személyi ügyei, 2. Plébániákra vonatkozó iratok, 3. Acta Meritum (megnevezett ügyek), 4. Bérmálási anyakönyvek, 5. Plébániák anyakönyvei, 6. Kéziratos könyvek, 7, Canonica visitatiók (plébániák érseki látogatásai), 8. Protocollumok (iktatókönyvek), 9. Szentszéki bírósági iratok.

A trianoni békediktátum az Egri Főegyházmegye számára is új egyházigazgatási körülményeket teremtett. A trianoni határon belül maradt a Rozsnyói, a Kassai és a Szatmári Egyházmegye egy-egy kisebb része és ezeket a területeket helynökök kormányozták. Innen az egri levéltárba kerültek be az iratok, amelyeknek saját sorszámos iktatásuk volt, és az iratokat is ilyen rendben őrizték. II. (Szent) János Pál pápa 1982. május 22-én kelt apostoli konstitúciójában az egri érsek igazgatása alá helyezte a fent említett püspökségek itt maradt területét. Ezzel megszűntek az említett egyházmegyék önálló iratsorozatai és helyettük az „Északi főesperességek” elnevezést vezették be. Ezen területek egyházi irányítása továbbra is elkülönült az egyházmegye többi részétől, önálló, sorszámos iktatással rendelkeztek. Egy évtizeddel később, 1993-ban II. (Szent) János Pál pápa a Hungarorum gens kezdetű konstitóciójáával átszervezte a magyarországi egyházmegyéket. Ez alapján az Egri Főegyházmegyéhez csatolták a Rozsnyói és a Kassai Egyházmegye a mai Magyarországon található területeit, a főegyházmegye keleti részéből és az itt maradt szatmári püspökség területéből pedig kialakították a Debrecen-Nyíregyházi Egyházmegyét. Az Egri Főegyházmegye Nógrád megyében lévő részét a Váci Egyházmegyéhez, a nagy-kunsági plébániákat pedig a Szeged-Csanádi Egyházmegyéhez csatolták. Ezzel az átszervezéssel megszűnt mindenféle külön iktatás az egyházkormányzásban.

Az Egri Főegyházmegye levéltári anyagát, más egyházmegyei levéltárakkal együtt, nemzeti érdekű magánlevéltárra nyilvánították 1950-ben és a törvényerejű rendelet értelmében a levéltár kettős kezelésbe került a Heves Megyei Levéltárral. A közös kezelés kiterjedt az 1944 előtti egyházkormányzati, uradalmi és szemináriumi levéltárakra és az egyházmegyei könyvtár kézirattárára. A közös kezelés ideje alatt a megyei levéltár munkatársai és Dr. Pákozdy József érseki levéltáros rendezték a még rendezetlen levéltári anyagokat és új leltárakat készítettek a levéltárban őrzött iratokról. A közös kezelés alatt a levéltári anyagot két részre osztották. Az első részhez az 1924 előtt keletkezet iratok tartoztak és ezek a hatályos törvények alapján kutathatóak volt. A második részbe az 1924. január 1. után keletkezett iratok tartoztak, ezt a levéltári anyagot az érsekség kezelte, a kutatása tilos volt. A kettős kezelés 1957-ben szűnt meg, ekkor az érseki levéltárral együtt kezelt káptalani hiteleshelyi levéltárat a megyei levéltárba vitték. Mivel az érseki palotában a levéltárnak használt helység már megtelt, ezért tervet dolgoztak ki a levéltár a palota középső szárnyában való elhelyezésére. Azonban amire a tervet megvalósították, addigra az Eger-Gyöngyösvidéki Állami Pincegazdaság költözött a palota középső szárnyába, így a levéltárat ismét költöztetni kellett és a teljes levéltári anyagot ekkor helyezték el a mai helyén, a palota jobb szárnyában. Sajnos ez az esemény az őrzött levéltári anyagra is nagy hatással volt, a Püspöki és Érseki uradalmi levéltárat, a Főszékeskáptalani magánlevéltárat és a Papnevelő Intézet uradalmi levéltárát állami tulajdonba vették és a Heves Megyei Levéltárba szállították.  

Az 1969. évi 27. sz. törvényerejű rendelet az érseki levéltárat szaklevéltárrá nyilvánította, amivel lehetőség nyílt arra, hogy nemcsak egyházi, hanem magánszemélyek iratait is átvegye és őrizze. A rendelet megjelenése után Nozdroviczky Ilona átadta a családi levéltárukat megőrzésre.
A rendszerváltozás után a levéltár megkapta a nyilvános magánlevéltár címet és a Heves Megyei Levéltárban őrzött egyházi iratanyag tulajdonjoga is visszaszállt az érsekségre, azonban hely hiányában ennek visszaszállítása nem történt meg, hanem letétként jelenleg is ott kutatható.

Elérhetőségek: